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原标题:癌症再现项目发布首批结果

浏览次数:156 时间:2020-01-17

一个在近5年前设立的雄心勃勃的项目,就目前来看或许只能完成18项研究。该项目旨在重现来自50篇高影响力癌症生物学论文的试验,但该数字正不断缩减。

这个名为癌症生物领域重复性工程的项目于2013年由科学开放中心与科学实验外包平台联合发起,旨在挑选出2010年至2012年间50篇发表于《科学》《自然》《细胞》等顶级期刊的高影响力的肿瘤生物学相关研究论文,进而验证这些论文的可重复性。

“我希望我们能做得更多。”在美国弗吉尼亚州开放科学中心管理该项目的生物学家Tim Errington说。但他同时表示,“很多时候只有你真正开展这类项目,才能理解它多么具有挑战性。”

无论如何,结果一出,有人对该再现性项目表示欢迎,也有人担心该项目并不公正,而且会影响自己的研究。

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Ruoslahti对这一裁决表示质疑。毕竟,来自美国、欧洲、中国、韩国和日本的至少10个实验室已经验证了他在2010年的一篇论文中的观点,该论文首次报道了一种能够穿透肿瘤和增强其他化疗药物杀死肿瘤能力的肽的药物价值。 “也许在我的实验室里,前后已经有三代博士后都在这个问题上愚弄了自己,难道其他所有人也在犯同样的错误吗?我很难相信。”他说。

再现高影响力癌症论文计划遇阻

据悉,能重复出来的两篇论文分别是斯坦福计算生物学家Atul Butte实验室的一篇证明溃疡药物西咪替丁可减慢小鼠肺肿瘤的生长的论文,以及一篇指出癌症基因Myc抑制剂BET bromodomains可以延缓小鼠多发性骨髓瘤生长的论文,而该抑制剂也已进入了临床试验。

Errington表示,砍掉部分重现工作的一个原因是优化试验以获得有意义结果所花费的时间太长。例如,为确定一项试验的细胞密度,需要测试一系列细胞密度。尽管“这些事情在实验室中自然地发生”,但如果方法论上的细节被包括进初始论文,再现工作可能会进行得快一些。该项目还花费大量时间获得或者重新标记诸如细胞系和质粒等无法从初始实验室获得的试剂。

而产生不确定结果的论文分别是达纳:法伯癌症研究所肿瘤生物学家Levi Garraway团队报告的当PREX2基因突变后会刺激黑色素瘤的生长,和斯坦福大学干细胞生物学家lrving Weissman指出的针对肿瘤细胞表面受体的抗体CD47可以在小鼠中缓解肿瘤生长。

随着组织者意识到他们需要更多来自初始作者的信息和材料,成本开始上升,延期也接踵而至。一项让被提议的重现工作接受同行评议的决定也拖延了时间。组织者在2015年底将论文清单缩减至37篇,然后在2017年1月将其缩至29篇。Errington介绍说,在过去的几个月里,他们决定终止正在进行的38%的重现工作。

就是这5篇论文为癌症生物领域蒙上了阴影。eLife高级编辑Sean Morrison指出,对Ruoslahti研究的重复完全失败,还有两篇文章产生了无法解释的结果,最后只有两篇能够大致重复出来。

此项工作带来的一个教训是:披露更多实验报告细节并且制造可直接从初始实验室免费获得或者通过第三方公司购买的材料,将强化科学家以其他人的工作为基础开展研究的能力。“交流和共享是很容易摘到的果子。我们可以在这方面努力改进。”Errington说。

该项目称,癌症生物学领域中一些高影响力癌症研究文章可重复性非常差。但该项目针对的几乎所有科学家均表示,癌症生物学和其他许多领域一样,经常被证明不能再现,其中的原因包括诸如有问题的试剂、变化无常的生物系统等。

图片来源:DAVIDE BONAZZI

但Ruoslahti担忧,由于该项目未能再现其研究结果,将对他获得DrugCendR公司资助造成障碍。“肯定会有影响,我只是不知道有多严重。”他说。

在两家药物公司报告称它们在重现很多癌症研究时遇到麻烦后,作为一项测试可现性的开放努力,“重现性项目:癌症生物学”于2013年10月启动了。此项工作由总部位于加州帕洛阿尔托的“科学交流”公司合作进行。该公司寻找签约实验室,以重现一些来自论文的关键试验。资助包括来自劳拉:阿诺德基金会的130万美元经费——足够每项研究花费2.5万美元。试验预计持续1年。

图片来源:Stanley Flegler

《中国科学报》 (2018-08-13 第3版 国际)

这个再现性项目旨在检验重要癌症生物学成果是否可以在独立实验室中再现。近日,该项目指出,对于第一阶段的5篇备受瞩目的癌症研究文章,在严格按照原始研究的实验协议下进行重复性验证后,发现Ruoslahti的研究完全无法重复,而另外4篇结果也不确定。

该项目很快招致初始研究作者的批评。还有人担心,这些可现性研究将不可避免地失败,因为签约实验室缺少再现研究工作的经验。

《中国科学报》 (2017-02-07 第3版 国际)

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